شهر وايقان به عنوان يكي از شهرهاي شهرستان شبستر واقع در گوني شرق در فاصله 3 كيلومتري جنوب شبستر در همسايگي روستاي ديزج خليل (2 كيلومتري) و در 73 كيلومتري مركز استان آذربايجان شرقي تبريز و در زمينهاي كناره اي قديمي درياچه اروميه (چي چست) واقع شده ، شهر وايقان در 38 درجه و 8 دقيقه عرض شمالي و 45 درجه و 42 دقيقه طول شرقي از نصف النهار گرينويچ قرار دارد. اختلاف ساعت آن با تهران 22 دقيقه است. راه آهن تبريز به بندرشرفخانه (تركيه ، اروپا) از شمال شهر وايقان عبور مي كند و فاقد ايستگاه در وايقان ميباشد. اين خط آهن بوسيله روسيه تزاري در بين سال هاي 1910 و 1914 احداث گرديده و در جنگ جهاني اول (1914) مورد بهره برداري قرار گرفت . امتداد خط آهن مزبور در سال 1344 به ايستگاه رازي در مرز تركيه متصل گرديد. شهر وايقان بوسيله يك جاده به عرض 36 متر و به طول 3 كيلومتر كه به همت اهالي وايقان در سالهاي 84 و 85 بازگشايي و آسفالت شده به جاده ارتباطي تبريز –سلماس (اروميه) متصل مي شود. فاصله شهر وايقان از كوهستان ميشو 16 كيلومتر است و اين شهر در واقع بر روي جلگه جنوبي ميشو بر روي خاكهاي آبرفتي رودخانه هاي سيلابي كوهستان ميشو و ته نشست هاي عقب نشيني تدريجي درياچه اروميه استقرار يافته فلذا شيب عمومي آن بصورت ملايم از شمال به طرف جنوب و جنوب شرقي و عميق ترين نقطه يعني درياچه اروميه سركشيده شده است. مساكن شهر وايقان به صورت مجتمع در دشت هموار بنا شده اند. حدود آن از شمال شرقي به روستاي ديزج خليل و از شرق به مراتع روستاي عليشاه و از جنوب به زمين هاي شور و بي حاصل (شوراكد) كه در اصطلاح محلي به آن بروت (برهوت) و خاصبان و از جنوب غربي به درياچه اروميه و از شمال غرب به روستاي شنگل آباد محدود مي شود. وسعت شهر وايقان (بخش مسكوني) 3 كيلومتر طول و 3 كيلومتر عرض دارد . مساحت محدوده قانوني شهر وايقان حدود 200 هكتار است و مساحت حريم شهر در حدود 1000 هكتار مي باشد.